Escrever scripts de atualização que sincronizam dois bancos de dados manualmente é uma tarefa bastante arriscada. Talvez você possa tentar compará-los criando scripts para todos os objetos e, em seguida, use uma ferramenta de comparação de arquivos para localizar os deltas entre os dois esquemas e alterá-los. Mas mesmo para bancos de dados um pouco maiores, eu não recomendaria esse método, já que é muito fácil perder alguma alteração
O uso de alguma ferramenta de terceiros é provavelmente o item obrigatório, portanto, você pode tentar ApexSQL Diff ou gratuitamente MS SSDT
O ApexSQL Diff pode usar backups de banco de dados, pastas de script, controles de origem e instantâneos proprietários como fontes de dados. Suporta automação via CLI
Disclaimer: Estou trabalhando para o ApexSQL como Engenheiro de Suporte Técnico