xkbcomp é um aplicativo do X Windows, você não pode executá-lo a partir de rc.local porque ele é executado antes de o X ser iniciado.
Ele deve funcionar se você adicionar o comando em $HOME/.xsession (sem o mate-session ), desde que você tenha essa linha no seu arquivo /etc/X11/Xsession.options :
allow-user-xsession
Se o layout ainda não estiver definido, ele provavelmente será substituído pelo Mate. Nesse caso, tente adicionar uma chamada sleep ao comando para que ele seja executado depois O Mate faz isso:
(sleep 10 && xkbcomp -I$HOME/.config/xkb/ $HOME/.config/xkb/thinkpad.xkb $DISPLAY)
possivelmente útil: