Em princípio, você pode dizer ao Windows para permitir que o Emacs use essa chave quando você estiver no Emacs.
Por exemplo, se você estiver no Windows XP, poderá usar w32-register-hot-key
para permitir que o Emacs obtenha essa chave, desta forma:
(w32-register-hot-key (kbd "C-SPC"))
Mas, aparentemente, é o caso que no Windows 7 (não sei sobre o Vista ou 8, mas eu estou supondo que eles também têm o problema) w32-register-hot-key
não tem mais nenhum efeito. Neste caso, acho que você está sem sorte --- você precisará alterar a tecla de atalho que o Windows usa para o método de entrada.