Solução:
Use F11 para depurar ao invés de Ctrl-F11 para executar e então ambos os atalhos de terminação funcionam.
Estou mudando para o Eclipse do Visual Studio 2005 e estou acostumado com essas associações de teclas:
Com o eclipse existe:
Eu defini os dois últimos em Window- > Preferences- > General- > Key e eles não funcionam. Eu tenho que clicar no quadrado vermelho na visualização do console para finalizar o aplicativo, ou então, se eu fizer Ctrl-F11 novamente, ele falhará, pois o exe ainda está sendo executado em segundo plano.
Eu tentei definir o campo Quando nas combinações de teclas para:
Nada disso funciona e parece não haver uma opção "quando tudo está em execução". Executar é definido como "no Windows" e funciona tanto quando em execução e depuração, por isso faria sentido que encerrar também.