Com a introdução do Ubuntu Software Center, lembro-me de ler, embora não consiga encontrar nenhuma fonte confiável no momento, que os vários gerenciadores de pacotes acabariam sendo obsoletos. Na verdade, o Gdebi não faz mais parte da instalação padrão, e ouvi dizer que o Synaptic estava programado para ser removido no futuro próximo.
Mas e as ferramentas de linha de comando? Eles são muito mais eficientes que o Ubuntu Software Center, se você souber o nome do pacote que deseja. Eles continuarão a existir como aplicativos autônomos, ou serão lançados no Ubuntu Software Center de alguma forma, tornando-se sua interface de linha de comando?
O Centro de Software é uma aplicação gráfica. Como está atualmente, não haveria muito esforço em colocar uma versão do CLI do Centro de Software quando existirem alternativas aprimoradas.
Certamente, é possível que o Synaptic seja removido de uma instalação padrão nos próximos ciclos.
Observe que foi decidido não mesclar o Update Manager ao Centro de Software.
Apt e Dpkg não estão indo a lugar nenhum, eles estão aqui para ficar: todos os aplicativos que você listou os usam no back-end.
Você deve pensar em interfaces GUI e shell como relacionadas, mas independentes - geralmente uma GUI usa os comandos shell como backend - por exemplo, adicionamos um painel de controle Landscape em 12.04, mas deixamos inalterado landscape-config.