Eu acabei fazendo isso para instalar o Base + svn:
set CYG_SITE=http://sourceware.mirrors.tds.net/pub/sourceware.org/cygwin/
setup.exe -R c:\dev\cygwin\root -q -C Base -P subversion -n -d -O -s %CYG_SITE%
Veja setup.exe --help
para o significado das opções.