Você deseja que todas as páginas do documento resultante tenham o mesmo tamanho de papel? Para isso, você precisaria redimensionar a página de um dos dois documentos. Esta questão trata do redimensionamento de um PDF usando ghostscript
.
Caso contrário, basta deixar de fora a opção -sPAPERSIZE
, para que seu comando se pareça com:
gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=output.pdf file1.pdf file2.pdf file3.pdf lastfile.pdf