por que você não faz um loop sobre seus usuários com algo assim?
@echo off
md "\server\share\folder\Downloads\%computername%"
cd documents and settings
for /f %%u in ('dir /b') do (
xcopy /s "c:\Documents and Settings\%%u\Desktop" "\server\share\folder\downloads\%computername%\%%u" /D/R
IMHO não precisa usar um arquivo temporário ... (a menos que você precise por outro motivo)