Você pode usar o xpdf para extrair as imagens digitalizadas de dentro dos seus arquivos PDF
Em seguida, use imagemagick para converter cada imagem em formato pbm:
convert page-000.png page-000.pbm
Em seguida, converta suas imagens pbm em páginas djvu com djvulibre .
cjb2 -clean page-000.pbm page-000.djvu
Por fim, adicionar sua nova página ao documento final
djvm -i page.djvu page-000.djvu
O processo é parcialmente explicado aqui: Criando um arquivo DjVu