Basta criar uma lista de colunas visíveis e exportar apenas aquelas, por exemplo,
List<DataGridViewColumn> listVisible = new List<DataGridViewColumn>();
foreach( DataGridViewColumn col in dg1.Columns )
{
if (col.Visible)
listVisible.Add(col);
}
quando você percorrer as colunas, use sua lista "visível", por exemplo,
for (int i = 0; i < listVisible.Count; i++)
{
worksheet.Cells[1, i + 1] = listVisible[i].HeaderText;
}
for (int i = 0; i < dg1.Rows.Count - 1; i++)
{
for (int j = 0; j < listVisible.Count; j++)
{
worksheet.Cells[i + 2, j + 1] = dg1.Rows[i].Cells[listVisible[j].Name].Value.ToString();
}
}