A resposta curta é:
Com S / MIME, a mensagem body é criptografada, mas a mensagem cabeçalhos não é, sendo o assunto um dos últimos.
Mais detalhadamente, os itens acima são verdadeiros, com exceção dos cabeçalhos que definem o tipo de conteúdo MIME original, que são extraídos e adicionados ao corpo antes de serem criptografados. Os cabeçalhos de tipo de conteúdo MIME são então alterados para algo como application/pkcs7-mime; smime-type=enveloped-data , portanto, o cliente de email de recebimento sabe como manipular o conteúdo da mensagem (descriptografando-o primeiro).
Além disso, foram feitas propostas para incluir o assunto da mensagem na parte criptografada. Por exemplo, em teoria, o cabeçalho do assunto pode ser incluído na parte criptografada. O cliente de email de recebimento deve exibir o assunto criptografado. Infelizmente, nenhum dos clientes de email populares parece suportar a criptografia do assunto da mensagem.