AFAIK, Pyrit passa por cada palavra em ordem, por isso deve ser tão simples quanto mover as palavras comuns para o topo.
Assumindo que top.txt é um arquivo que contém todas as palavras que você deseja tentar primeiro e words.txt é a sua lista de palavras principal, isso deve funcionar:
cat top.txt | cat words.txt > new_list.txt
pyrit -r wpa.cap -i new_list.txt -b <BSSID> attack_passthrough