Você pode querer desabilitar repositórios extras ao tentar atualizar pacotes.
Existem alguns truques que você pode tentar quando tem vários repositórios que contêm versões diferentes do mesmo pacote. O CentOS tem este artigo wiki com algumas dicas e truques para especificar um determinado repositório a ser usado.
Usando essas informações, executando
yum --disablerepo "*" --enablerepo "updates" update php
deve esclarecer esta questão.