user1361315, se você estiver usando o Windows 7, poderá usar o cliente FTP.exe incorporado, que suporta:
-s:filename.txt
Então, basta colocar linhas como:
open ftp.siteone.com
ftpuser
myPassW0rd
cd /wwwroot/site1/
bin
put logo.jpg
quit
No nome do arquivo.txt e use:
ftp -s:filename.txt
Você pode criar facilmente um arquivo em lotes com alguns arquivos stub que usaram:
copy /A siteone.txt+newcommand.txt filename.txt
copy /A sitetwo.txt+newcommand.txt filename.txt
Para unir um arquivo "header" para cada site (host, senha, etc diferente) com um "newcommand" comum que fez o mesmo trabalho para cada um deles e depois executa o FTP 5 vezes.