(como @slhck sugere:)
O FFMPEG pode de fato remeter FLVs para MKVs, independentemente dos codecs usados. Mas - essa funcionalidade é (relativamente) recente, então:
- Certifique-se de ter uma versão atualizada do FFMPEG. Se você não fizer isso, baixe um do site oficial (você pode ser encaminhado para fora do site por Windows constrói ).
- Executar
X:\path\to\ffmpeg.exe -i input_file.flv -c copy output_file.mkv
E isso deve funcionar.