Coloque todos os arquivos carregados completos em um diretório, com o idioma da Web que você estiver usando.
Em seguida, você pode agendar um cronjob com seu script, para ser executado, por exemplo, a cada hora e converter os vídeos que estão no diretório / pendente.
Você pode querer usar o flock para que apenas uma instância deste script possa ser executada no mesmo momento, mesmo que demore mais que o esperado e o cron inicie outro script.
Dentro do script você pode usar legal para reduzir sua prioridade, para que o servidor web tenha maior prioridade.