Não, expressões regulares não são suportadas pelo deja-dup e não há solução alternativa atualmente. Você precisará especificar as pastas explicitamente.
Parece que o deja-dup não aceita expressões regulares ao adicionar entradas através do dconf-editor ao org.gnome.DejaDup.exclude-list. Existe uma solução para permitir a correspondência de regex de caminhos para este parâmetro?
Não, expressões regulares não são suportadas pelo deja-dup e não há solução alternativa atualmente. Você precisará especificar as pastas explicitamente.