Caso isso possa ajudar alguém. Eu tive um problema semelhante.
Meu .bashrc
no servidor remoto estava imprimindo informações, como o conteúdo de /etc/issue
. O Git pegaria essas informações e produziria o erro que você tem.
Eu consertei isso comentando todas as linhas que produziram saída para terminal no meu .bashrc
.