Embora esta questão seja bastante antiga: o ManicTime adicionou um Gerenciador de Plugin com a versão 3.1. Isso também contém um plugin do Visual Studio (além de muitos outros) que rastreia o caminho do arquivo na linha de tempo do Documento, que deve ser exatamente o que você deseja.
O plugin também deve existir em versões anteriores, mas não consegui descobrir desde quando.