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O console volta para baixo apenas quando a posição do cursor é alterada. Isso pode acontecer (com o clique esquerdo) quando a opção "Alterar a posição do cursor de texto com o botão esquerdo" for ativada sem nenhum modificador. Além disso, você pode alternar o console para o modo alternativo (ícone "Bloquear" na barra de ferramentas), o que "pausará" sua saída.
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A rolagem horizontal está no roteiro da ConEmu.