Não conheço nenhuma ferramenta automatizada para fazer isso. Na verdade, no Visio 2003, há uma ferramenta na lista suspensa Shape- > Operations, para atualizar a caixa de alinhamento, para redefinir a largura e a altura da forma do grupo para corresponder aos limites das sub-formas.
Isso é fácil de fazer manualmente se você estiver familiarizado com a modificação da geometria na folha de cálculo. Basta inserir uma seção de geometria na forma do grupo pai e desenhá-la usando a largura e a altura do grupo. Isso também seria fácil de automatizar no VBA também.