Posso sugerir que você redefina para a interface padrão e clique no botão Redefinir Preferências disponível através da opção do menu Ferramentas - Preferências
Você também pode redefinir a configuração a partir de um comando do terminal:
vlc --reset-config
Verifique novamente se a configuração da vlc foi completamente regenerada:
mv ~/.config/vlc ~/.config/vlc_backup