O principal motivo para manter o AHCI ligado quando você usa um SSD para instalar o Windows é instruir o sistema operacional a executar seu comando TRIM. Uma vez que isso tenha sido ativado, o Windows continuará a executar o comando TRIM.
Minha configuração atual é semelhante à sua, se não for idêntica na implementação. Eu tenho um SSD Intel 830 128 gb 6Gb / s que eu instalei o Windows 8 usando AHCI. Trim está atualmente em execução. Eu tenho 2 x 320gb HDs em RAID 0 também. Minha configuração atual do BIOS para a orientação da unidade de disco rígido é RAID, isso é para que ele configure a matriz a cada vez. Você pode até manter outras unidades singulares nos outros controladores SATA, você precisa realmente especificar as unidades usadas no RAID para que assim seja.
Portanto, para responder a sua pergunta, não, eles não irão afetá-la. A configuração RAID no BIOS apenas informa ao controlador que ele precisa configurar e manter um array específico que precisa ser definido no RAID BIOS (sim, o controlador possui seu próprio BIOS).
Para referência, deixo meu modo BIOS em RAID.
Espero que isso ajude, eu posso responder a quaisquer outras perguntas específicas que você tenha, já que tive uma experiência considerável com o RAID