Geralmente o Windows não funciona bem com a inicialização de uma unidade USB. Existem exceções - é possível cortar o windows xp na inicialização do usb mas é complicado, e não é possível com versões mais recentes.
Esata deve trabalho no entanto e deve ser sua primeira escolha, se possível
Se for uma emergência absoluta, e seu sistema tiver recursos para lidar com isso, você poderá inicializar o linux ou algum hypervisor a partir dele e executar janelas em uma VM.
A execução de um sistema operacional a partir de uma unidade externa pode ser mais lenta do que executá-lo nativamente, mas os discos em uma unidade externa são semelhantes aos de um sistema - eles não se desgastam como um chip de memória flash e não danificará a unidade.