Você pode ocultar o ícone da Central de ações com o seguinte comando:
reg add HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer /v HideSCAHealth /t REG_DWORD /d 0x1
Ele não desabilitará mensagens (para isso você terá que editar um valor de registro binário), mas elas não serão mais exibidas.