Se você já definiu a configuração 'Não mostrar arquivos ocultos' no Explorer, os arquivos ocultos não deverão ser mostrados no índice; se eles forem, talvez seja necessário recompilar seu índice.
Devo dizer que marcar um arquivo como oculto é apenas para impedir a modificação acidental, não como forma de proteger arquivos confidenciais. Para isso você precisa usar o arquivo / pastas ACL (ou seja, configurações de segurança) para restringir o acesso a usuários especificados.