Eu sei que este tópico é muito antigo, mas houve o mesmo problema que acabei de corrigir e, ao procurar, encontrei este tópico, por isso espero que outros usuários que pesquisem a resolução deste problema vejam o meu post. No meu caso, era o IIS 8, mas para o IIS 7 também deveria funcionar. Eu encontrei o problema após as atualizações do Windows 8.1.
O que fiz para resolver esse problema foi desinstalar não apenas "Serviços de Informações da Internet" e "Serviço de Ativação de Processos do Windows", mas também "Serviços de Informações da Internet Hostable Web Core". Depois disso, reiniciei meu computador, reinstalei tudo o que acabei de mencionar e tudo funcionou bem - os pools de aplicativos foram recriados, o site padrão foi adicionado juntamente com todas as ligações. Espero que isso ajude!