Não importa em sistemas baseados em Linux se você usa uma extensão .txt ou não. Na verdade, não existe uma 'extensão de arquivo' especial como no Windows - é apenas parte do nome. Tipos MIME são usados para determinar o tipo do arquivo.
Se, no entanto, você desejar compartilhar um arquivo com pessoas que ainda estejam usando o Windows, elas terão que escolher manualmente abrir os arquivos de texto com o bloco de notas, a menos que você use uma extensão .txt.
Existem outras considerações de compatibilidade. Por padrão, o Bloco de Notas não mostrará novas linhas corretamente porque usa uma linha diferente que termina no Linux e em outros sistemas semelhantes ao Unix. O editor de texto mostrará arquivos de texto no formato Windows corretamente, mas você pode precisar pressionar backspace duas vezes para remover uma nova linha.
Usando um editor de texto chamado Geany , você pode converter os tipos de terminação de linha no menu Document -> Set Line Endings
. Isso também pode ser possível no editor de texto padrão (Gedit), mas não sei como fazê-lo.
Pessoalmente, eu não usaria a extensão .txt ou os finais de linha do Windows para uso diário, mas converteria os arquivos quando eu precisasse compartilhá-los com usuários do Windows.