Esta não é uma resposta completa, mas pode ajudar. Eu tenho uma máquina de desenvolvimento aqui com o Windows 7 e o Kubuntu; Eu usei um SSD de 128 GB para o Windows (a coisa toda) e tenho o Kubuntu dominante em meus outros três discos rígidos, com uma partição limitada feita para arquivos de mídia no Windows. Sempre que preciso reinstalar o Windows, simplesmente puxo os cabos SATA da parte de trás dos meus outros discos rígidos primeiro. Após a instalação, eu o desligo, conecto-o novamente, inicializo e configuro o Windows para usar os diretórios apropriados (nos outros discos rígidos) para documentos do usuário. Eu fiz isso mais de uma vez e ainda não me deu nenhum problema. O GRUB até o reconheceu depois de uma rápida varredura de dispositivos.
Eu entendo que você está tentando fazer isso em um único disco rígido, mas todo mundo já destacou os problemas por trás disso (principalmente com o Windows sendo um # $% @ & amp; completo * sobre ter que compartilhar). Se você conseguir um SSD barato ou mesmo HDD e conectá-lo em paralelo, mantenha os sistemas operacionais mais responsáveis nas principais unidades, isso simplificará o processo. Você não precisa nem se preocupar com o particionamento.
(Eu também direi que se você fizer assim, você economizará muitos problemas mantendo cada drive como MBR ou GPT; tente não misturar e combinar. Isso torna a inicialização mais complicada do que qualquer um quer lidar.)
Boa sorte!