Na verdade, é tão "fácil" quanto isso. Faça o download da versão mais recente e instale-a.
Suas máquinas virtuais e configurações são armazenadas separadamente e não serão excluídas. No entanto, certifique-se de instalar a versão mais recente das inclusões de convidado do VirtualBox após a atualização.
Na Perguntas frequentes sobre fóruns do VirtualBox :
Q: What is the proper way to upgrade?
A: Since version 1.6.0, you no longer need to uninstall VB in Windows, but can install it on top of the current installation. This can be done by running the installer and follow the on screen instructions.
For Linux Hosts, just run the install file (.dep, .rpm or what package manager you use) as root. The package will be updated automatically.
For other systems, it should be the same procedure. The one exception to this is due to naming clashes: you do need to properly remove an OSE package if you are replacing an OSE version with a PUEL versions (for example because you need USB support).
All VMs are kept during the upgrade or when you uninstall VB.