Você pode ter um programa em execução que esteja interceptando toques de teclado ao pressionar uma tecla.
Você deve executar uma verificação completa do sistema de acordo com as instruções neste wiki de detecção e remoção de vírus aprovado pela comunidade e certifique-se de que não há programas não autorizados em execução no seu computador.
Eu tenho um problema semelhante devido a um programa de escurecimento de tela que é executado em segundo plano. Durante determinados momentos do dia em que está ajustando a tela, não consigo digitar.