Ok, o problema é que você fez algumas alterações com o gpedit, mas as alterações não estão presentes no registro, certo? Você verificou se eles estão no registro imediatamente após fazer a alteração com o editor de políticas?
Você pode querer auditar as entradas do registro para descobrir quem ou o que está alterando. Isso tornará muito mais fácil pará-lo, já que, como você considerou, pode ser outra coisa (como um processo do sistema ou algo assim) que esteja fazendo a alteração, portanto, as restrições de configuração no grupo de usuários não surtem efeito.
Você pode configurá-lo com o Editor de diretivas de grupo , mas eu acho o Diálogo das permissões é mais fácil: