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Seu Windows está instalado corretamente. Você não é forçado a usar o Assistente do Boot Camp (disponível no OS X) para instalá-lo - na verdade, com algumas configurações (por exemplo, se você tiver várias partições) o Assistente do Boot Camp se recusa a "ajudar", mas você pode instalar Windows particionando o disco com o Utilitário de Disco e inicializando manualmente a partir do CD do Windows na inicialização do Mac;
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a única coisa que você precisa fazer agora é instalar os drivers do Bootcamp, para que todo o seu hardware seja devidamente reconhecido. Basta iniciar o Assistente do Boot Camp e, na segunda etapa, selecionar "Baixar o software de suporte mais recente do Windows da Apple"; os drivers serão baixados e salvos em uma chave USB ou CD. Você pode então inicializar no Windows e seguir o procedimento para instalá-los.
Para obter mais informações, consulte o link ou imprima o guia de instalação na primeira etapa do Assistente do Boot Camp .