Você poderia usar este comando:
xdotool windowminimize $(xdotool getactivewindow)
Você pode alterar xdotool getactivewindow
com uma janela específica que gostaria de minimizar.
xdotool
não seria instalado no Ubuntu por default.So execute o comando abaixo para instalar xdotool
package.
sudo apt-get install xdotool