Se sua meta é configurar sua interface sem fio na inicialização (vs. colocar o comando wpa_supplicant em um script por outros motivos), você pode usar /etc/network/interfaces e o arquivo de configuração comum wpa_passphrase gera para alcançar este resultado.
Em /etc/network/interfaces (assumindo que wlan0 é sua interface sem fio e a configuração de wpa_passphrase está em /root/your-wpa.conf ):
allow-hotplug wlan0
iface wlan0 inet dhcp
wpa-conf /root/your-wpa.conf
No meu sistema eu tenho uma aba (não espaços) no começo da linha "wpa-conf". Teve problemas ao inserir uma guia para a Web ao digitar essa resposta. Não tenho certeza se isso é importante.
Não precisei editar ou fazer nada no arquivo conf WPA. É o que recebo do comando
wpa_passphrase myssid mysecret >wpa.conf
Veja Como usar uma interface WiFi no Debian.org e /usr/share/doc/wpasupplicant/README.wpa_supplicant.conf.gz localmente.
Eu testei isso em Jessie e não tenho mais nenhum sistema Squeeze - mas eu imagino que você tenha atualizado nos 4 anos desde que fez a pergunta.