Então, há duas perguntas que você está fazendo aqui, eu acho. Primeiro, não, você não pode fazer nenhuma operação em uma partição criptografada sem primeiro descriptografá-la. Até mesmo uma partição criptografada vazia aparece como contendo valores aleatórios. Se você instalasse o Windows nesses valores aleatórios, você os substituiria e, portanto, destruiria a criptografia (não sei se você PODERÁ iniciar a instalação, pois o Windows provavelmente diria que a unidade estava cheia). Quando você usa o TrueCrypt para criptografar todo o seu sistema, ele instala um pequeno sistema operacional Linux no sistema regular que criptografa e descriptografa a unidade antes que o Windows seja carregado. Então, o sistema vai POST - > TrueCrypt - > Qualquer outro sistema operacional está abaixo disso.
Se por descriptografia, você quer dizer a REMOÇÃO da criptografia inteiramente (ao invés de descriptografá-la para uso como TrueCrypt), então você ainda não conseguirá ter sucesso. TrueCrypt depende de ser o primeiro na ordem de inicialização. Se você instalou o Windows em uma partição que você tinha criptografado usando TrueCrypt, ele não seria configurado da maneira que descrevi (com um thin client Linux no topo do sistema operacional principal). A instalação do Windows pode muito bem ter sucesso, mas não haveria nenhuma facilidade para descriptografar a unidade após o POST e, portanto, o sistema não inicializaria porque detectaria a partição do Windows como corrompida ou ilegível.
A exceção que eu poderia imaginar é que, se você usasse um sistema com uma criptografia em nível de hardware, seria possível instalar o Windows na unidade sem alterar nada. Como o processo de criptografia / descriptografia ocorre no nível do hardware, nenhuma camada de software adicional seria necessária. Mas parece que você está usando o TrueCrypt.Talvez você possa expandir um pouco sua pergunta para explicar mais sobre a partição em que está trabalhando?