Aqui está o script básico de um arquivo em lote. Estou tentando fazer algo semelhante a isso, mas no Linux diria ao Minecraft (Java) que a pasta home estava localizada em outro lugar (como uma unidade flash). Se é mesmo possível?
set APPDATA=%CD%\
start %CD%\minecraft.exe
Eu tenho um arquivo .zip com todos os arquivos que você extrairia para uma raiz da unidade. Eu embrulhei o arquivo .bat no arquivo .exe.
O seguinte script bash faz o que seu arquivo de lote faz. Ainda não testei se funciona com minecraft, mas estou pensando que você provavelmente não quer realmente rodar um binário do Windows em um sistema Linux, pelo menos não sem Wine ou algo entre eles.
#!/bin/sh
CD="/path/to/whereever"
export HOME="$CD"
"$CD/minecraft.exe"
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