Você não pode copiá-los, mas pode criar links no Windows. O outro sistema operacional provavelmente não os reconhecerá como links, portanto, se você tentar copiar, poderá acabar com dois da mesma pasta.
[ EDIT em pelo menos algumas versões do NTFS para Linux, os symlinks feitos no Windows também são links simbólicos no Linux. Funciona fora da caixa com o Ubuntu Oeneric, que parece usar o driver FUSE]