Use o AppleScript. Eu uso este:
tell application "System Events" to click menu item "<<saved settings set>>" of menu "New Window" of menu item "New Window" of menu "Shell" of menu bar item "Shell" of menu bar 1 of application process "Terminal" of application "System Events"
Se você encontrou uma maneira de fazer isso a partir da linha de comando (por exemplo, chamando Terminal.app com parâmetros) ou com arquivos salvos, também estou interessado em saber. Eu também tentei usar atalhos de teclado, mas não consegui fazer isso funcionar, porque não consegui atribuir um atalho a uma configuração pelo nome.