O lote está sendo elevado .
O que está acontecendo é que você está iniciando outro processo (FreeFileSync) a partir do batchfile. Ao contrário dos comandos em um Prompt de Comando, que são executados dentro do Interpretador de Comandos, o novo processo é executado como um Usuário por padrão.
Para elevar comandos dentro de um lote, você precisará usar o VBScript ou o JScript e o Windows Scripting Host. Minha recomendação é usar o PowerToy Elevation para o Vista . O download contém scripts de exemplo.
Você também pode ler os artigos e exemplos de scripts no site também.