Eu tenho o problema oposto. Eu quero um cursor grande, e assim o faz, mas aplicativos que não são do gnome diminuem de tamanho!
Na casa 17, eu uso o seguinte.
gsettings set org.cinnamon.desktop.interface cursor-size 40
Tente gsettings no Ubuntu. Veja aqui
Para mim (menta), a mudança acontece imediatamente e é mantida nas reinicializações. No entanto, houve menção de que reverting no Ubuntu após um reinício.