Eu também tive esse problema.
Para mim, foi realmente muito fácil de corrigir e não há necessidade de reinicialização.
Você deve editar uma configuração do Compiz-Fusion:
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Abra o seguinte:
System → Preferences → CompizConfig Settings Manager
Se não estiver instalado, vá para o terminal e execute este comando para instalá-lo:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
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Depois de aberto:
Desça até a seção Efeitos, onde você verá que "Decoração de janela" não está ativada.
Marque a caixa à esquerda e você verá as bordas da janela aparecerem novamente.
Como eu disse, esta é a solução que eu apliquei para este problema. Espero que ajude, para você também.