O sistema RAID (MD) não sabe nada sobre o sistema de arquivos, portanto, se ele falhar na reconstrução, não é devido a corrupção do sistema de arquivos, mas provavelmente devido a erros de hardware. Possivelmente um dos seus discos falhando. Verifique os erros de S.M.A.R.T. usando smartmontools e execute um autoteste.
Quando você executar fsck -yf, isso fará o melhor possível para corrigir o sistema de arquivos e, no processo, pode excluir inodes (arquivos) problemáticos (alguns arquivos podem ser movidos para a pasta lost + found). Talvez as caixas que você viu no login gráfico foram devido aos arquivos necessários que foram excluídos pelo fsck. Não conseguir fazer login via console ou o SSH também pode apontar para arquivos ausentes. Você consegue acessar o shell se inicializar no modo de recuperação? Você poderia tentar consertar as coisas restaurando os arquivos do sistema operacional a partir do backup ou forçando a reinstalação dos pacotes de software.
No entanto, neste ponto, talvez seja melhor alterar os discos e fazer uma reinstalação limpa.