Não acho que você encontre um utilitário ou configurações que permitam que o Explorer funcione como você gostaria.
Minha sugestão é obter um complemento de navegador com guias para o Explorer, assim você terá apenas uma janela, com várias guias. Pessoalmente eu uso QTTabBar :
Eleadicionaalgunsoutrosrecursosúteisquevocêpodequererverificartambém(ex.:expansãodepastasemhover,etc).
ConfiraessasperguntasdoSUparaobtermaissugestõessobrecomplementosdenavegadorescomguias:
Windows Explorer add-in para dar funcionalidade com guias no Windows 7? - Interface do Win 7 Explorer com guias que não parece lixo?
Se você quiser substituir o Explorer por um que talvez tenha seus requisitos de funcionalidade, aqui está uma pergunta com algumas ideias:
- link