Bem, isso não resolve, mas eu amei o software MF Toolbox desde que eu tenho o scanner Canon nos últimos quatro anos, mas por alguma razão desconhecida ele parou de responder aos botões como o pôster original disse. Quando você pressiona "Configurações", ele diz que vê o scanner 4100 corretamente, mas não o driver WIA, apenas a Canon MF4100 normal.
Eu não consegui fazer os botões funcionarem, mas posso fazer o scanner funcionar. Coloque seus documentos no alimentador de documentos, pressione SCAN no scanner e pressione START. Ele iniciará o software Toolbox corretamente e você poderá fazer tudo o que precisar. Ele continuará funcionando desde que você não feche o software do Toolbox. Se você fizer isso, então você precisa fazer este procedimento novamente.
O MF Toolbox é o único software capaz de lidar com grandes trabalhos de digitalização com muitas páginas. O meu MF 4100 funciona bem na digitalização do IrfanView ou do MSPaint, mas não faz múltiplas páginas. Quando eu executo esses scanners, ele funciona com o modo de varredura WIA.
A MF Toolbox não "vê" o scanner WIA.
BTW, eu também tentei a correção acima de adicionar o caminho para o caminho do sistema, mas isso não funcionou.