Um procedimento geral para dual boot (desde que você mencionou o MBR, eu escrevi para isso aqui):
1) Desative a inicialização rápida no Windows (8 e acima)
2) Instale o Linux em duas partições ext4 (e talvez uma swap)
3) Instale o GRUB em um disco rígido
4) Faça do disco rígido MBR do Linux sua unidade de inicialização principal (Aquele com o GRUB)
Caso você tenha feito isso, especialmente configurando o GRUB HDD como inicialização principal no BIOS, e ainda assim não funciona, existem duas possibilidades:
1) Você não instalou o GRUB corretamente. Isso acontece com frequência Tente deixar um instalador automatizado (como o Ubuntu) configurar tudo para você.
2) Algo sobre a mistura de SATA e IDE (embora isso realmente não deva acontecer)