É causado pelo componente de edição do Scintilla.
Notepad2 FAQ: Why is the horizontal scrollbar not calculated properly?
As one single line may contain many different syntax styles, proper line length calculation requires high performance. For this reason, a fixed width is assumed. The end of long lines can always be reached using the End key or the scrollbar arrows.
De acordo com o site da Scintilla , no entanto, isso foi corrigido na versão 1.75
Release 1.75
- The horizontal scroll bar may grow to match the widest line displayed.
Por isso, costumava ser "por design", mas parece ser solucionável agora. Mas se você quiser a resposta mais confiável, entre em contato com o desenvolvedor do Notepad2 e pergunte se isso pode ser implementado.