Você pode usar o VBScript para executar o mapache.exe em uma janela oculta.
Na raiz do DokuWikiStick, crie o arquivo run.vbs, preencha-o com
WScript.CreateObject("WScript.Shell").Run("mapache.exe"),0
e use-o para executar o seu servidor DokuWikiStick.
Infelizmente, há um problema em parar o servidor iniciado dessa maneira, porque não há janela para fechar. Você pode usar o Gerenciador de Tarefas para finalizar os processos do mapache.exe.