O Dropbox pode seguir links simbólicos ao sincronizar arquivos e pastas. Você deve ser capaz de criar links simbólicos a partir da sua pasta do Dropbox, para as pastas que você deseja sincronizar.
Além disso, eu não usei o Dropbox por algum tempo, mas acredito que ele tenha agora um recurso de 'Sincronização Seletiva'. Isso pode ser semelhante à solução de links simbólicos (ou seja, você precisa selecionar todas as pastas desejadas, em vez de apenas as poucas pastas que não deseja).