Agora mesmo? Se você não gosta de eCub ou Jutoh, você não tem muitas opções.
Você pode ser capaz de pressionar um editor de HTML para fazer o trabalho, mas você definitivamente desejará algo que possa lidar com um projeto de várias páginas, para garantir que os links de arquivos cruzados não ficar quebrado e que seu CSS permaneça são. Você também deseja executar o resultado por meio do FlightCrew (o componente de validação do ePub do Sigil) para garantir que seu trabalho seja válido.
Outra opção, se você não se importar com rodadas de conversões, seria converter para um documento do OpenOffice, modificar em OOo ou LibreOffice e usar Writer2ePub para converter o resultado em um arquivo ePub.